일본 도쿄[東京]의 한가운데인 지요다구[千代田區] 황궁 북쪽에 있는 신사(神社)로, 8만여 개에 달하는 일본 전역의 신사 가운데서도 가장 규모가 큰, 신사 중의 신사로 불린다. 메이지유신[明治維新] 직후인 1869년 막부(幕府) 군과의 싸움에서 숨진 영혼을 '호국의 신'으로 제사 지내기 위해 건립되었다.
건립 당시의 명칭은 도쿄 쇼콘샤[招魂社]로, 일본 전역에 세워진 쇼콘샤 가운데 황실이 직접 납폐하는 으뜸 신사였다. 이후 쇼콘샤는 일본의 대외침략과 발맞추어 국가신도의 군사적 성격을 대표하는 신사로 자리잡았고, 세이난[西南]전쟁 2년 뒤인 1879년에 현재의 이름으로 바뀌었다.
말 그대로 '나라를 편안하게 한다'는 뜻이다. 즉 호국신사이자 황국신사로서 제2차 세계대전 당시에는 전몰자를 호국의 영령으로 제사하고, 여기에 천황의 참배라는 특별한 대우를 해줌으로써 전쟁 때마다 국민에게 천황숭배와 군국주의를 고무, 침투시키는 데 절대적인 구실을 하였다. 또 전몰자들은 천황을 위해 죽음으로써 생전의 잘잘못은 상관 없이 신(神)이 되어, 국민의 예배를 받았다.
일본의 젊은이들은 '야스쿠니에서 만나자'는 약속을 하고 전쟁터로 떠났을 만큼 모든 가치의 기준을 천황에 대한 충성 여부에 두었고, 따라서 야스쿠니신사의 제신(祭神) 원리는 국민의 도덕관을 매우 혼란하게 만들었다. 천황을 위한 죽음은 대부분 명분 없는 침략전쟁에서의 죽음이었기 때문에 일본 군국주의는 이것을 정당화할 수 있는 근거로 신화의식을 조작해 야스쿠니신사를 탄생시킨 것이다.
전쟁이 끝난 뒤 연합군총사령부는 야스쿠니신사의 호국적 성격을 알고 단순한 종교시설과 순수한 전몰자 추도시설 중 하나를 택하라고 일본에 강요, 일본은 종교시설을 택하였지만, 야스쿠니신사의 특수한 기능인 전몰자 추도시설 기능을 완전히 박탈하지는 못하였다. 1947년 일본은 신헌법에서 정교분리를 규정한 뒤에도 야스쿠니신사가 종교시설이자 전몰자 추도시설임을 인정하였고, 1960년대 말부터는 야스쿠니신사를 국가의 관리 아래 두자는 법안을 계속 제출하였다.
비록 여론에 밀려 번번이 실패하기는 하였지만, 갈수록 이러한 주장들이 설득력을 얻기 시작하였고, 급기야 1978년에는 도조 히데키[東條英機]를 비롯한 A급 전범 14명의 위패가 합사되는 일이 발생하자 국제적인 주목을 받았다. 일본의 보수 우파 세력은 'A급 전범은 연합국이 일방적으로 규정한 것일 뿐, 일본 국내법상으로는 범죄자가 아니다'라고 주장하는 등 일본 군국주의의 부활을 부채질하였고, 일본 정부 역시 후생성이 중심이 되어 민관합동기구가 결정한 일일 뿐이라고 발뺌하였다.
1985년에는 나카소네 야스히로[中曾根康弘]가 총리로서는 처음으로 공식 참배하였고, 2000년에는 이시하라 신타로[石原愼太郞] 도쿄도 지사가, 2001년에는 고이즈미 준이치로[小泉純一郞] 총리가 공식 참배하는 등 일본 군국주의의 망령을 부활시키고 있어 주변국뿐 아니라 국제적인 비난을 받고 있다.
야스쿠니신사에는 약 246만여 명의 전몰자의 위패가 안치되어 있고, 일본 육군의 아버지로 불리는 오무라 에키지의 동상, 대형 함포 등 각종 병기, 자살특공대인 가미카제[神風] 돌격대원의 동상, 전함 야마토의 특대형 포탄, 군마와 군견의 위령탑, 제로센[0戰] 전투기 등 제2차 세계대전 당시의 전쟁 유물과 전범의 동상들이 헤아릴 수 없을 정도로 많이 전시되어 있다. 야스쿠니신사의 상징인 흰 비둘기가 평화를 의미하는 것과는 반대로, 전시물들은 전쟁과 전투의 의미를 부각시키고 있어 전쟁박물관인지 신사인지 구분이 되지 않을 만큼 이중성을 가지고 있는 곳이다.